Po powrocie do Japonii ekipa Miyazakiego rozpoczęła pracę nad projektami artystycznymi i projektami postaci. Miyazaki zaczął wprowadzać znaczące zmiany do scenariusza, dodając nowe pomysły i przekształcając istniejące. Oryginalna książka dla dzieci autorstwa Eiko Kadono, Majo no takkyūbin, bardzo różni się od ukończonego filmu. Powieść Kadono jest bardziej epizodyczna i składa się z krótszych opowieści o różnych ludziach i wydarzeniach, z którymi ma do czynienia Kiki, pracując jako kurierka. Wiele dramatycznych elementów, takich jak utrata mocy przez Kiki albo wypadek sterowca, nie pochodzi z wersji oryginalnej. Miyazaki wprowadził te zmiany, żeby opowiedzieć spójną historię i stworzyć film o trudnościach, jakie przeżywa Kiki podczas dorastania. Powiedział: „Ponieważ film zawsze sprawia bardziej realistyczne wrażenie, Kiki będzie odczuwała większe niepokój i samotność niż w oryginale”.