klasztor został zaklasyfikowany jako miejsce o znaczeniu historycznym, jednak w 1903 r. rodzina Montgolfier dokonała rozbudowy działającej tam papierni.
Kolejna zmiana losu opactwa nastąpiła w 1906 r., kiedy to , bankier z Lyonu i zięć Montgolfierów, kupił zabudowania klasztorne i postanowił rozebrać wszystkie produkcyjne budynki w celu przywrócenia klasztorowi jego średniowiecznej chwały (spotykana jest też data 1905 i/lub wymieniani są bracia Edouard i René Aynard jako kupcy). Zmiany te trwały do 1911 r., jednak odbudowa i restauracja zabudowy klasztornej trwają do dziś. W 1960 r. dzięki staraniom Pierre’a i Huberta Aynard odbudowano dormitorium, uzupełniając w ten sposób istniejące, oryginalne budynki klasztorne, w tym: kościół, krużganki, kapitularz, ogrzewane pomieszczenie, spiżarnię i kuźnię , wszystkie zbudowane w stylu romańskim, wraz z późniejszymi budynkami infirmerii i domem opata.
Uwieńczeniem starań podejmowanych przez rodzinę Aynard było wpisanie w 1981 opactwa Fontenay na listę światowego dziedzictwa UNESCO, nie zaprzestano jednak prac konserwatorskich i w 1995 r.