Status zagrożenia i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje błotniaka zbożowego za gatunek najmniejszej troski (LC – Least Concern). Liczebność populacji europejskiej w 2021 roku, według szacunków organizacji BirdLife International, wynosiła 112 000 – 174 000 dorosłych osobników. Liczebność światowej populacji, obliczona na podstawie tych szacunków, mieści się w przedziale 330 000 – 512 000 dorosłych osobników. Najliczniej ptak ten zasiedla Rosję, Francję, Finlandię i Szwecję. Globalny trend liczebności populacji prawdopodobnie jest spadkowy.
W Polsce objęty ochroną gatunkową ścisłą, wymaga ochrony czynnejRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt (). Na Czerwonej liście ptaków Polski został sklasyfikowany jako gatunek krytycznie zagrożony (CR – Critically Endangered).