Na początku lat 50. XX wieku stał się krytyczny wobec systemu komunistycznego i jako zagorzały marksista, którym pozostał do końca życia, przystąpił do opozycji. Na znak protestu przeciwko powojennej antysemickiej polityce komunistycznego ZSRR, przyjął pod koniec lat 40. pseudonim Egon Bondy, nawiązujący do popularnego wśród Żydów w Czechach nazwiska. Od końca 1948 roku był kilkuletnim partnerem pisarki Jany Krejcarovej. Od 1949 wspólnie z Krejcarovą i Ivem Vodseďálekiem redagował samizdat literacki Edycję Północ (czes. Půlnoc), uważany za jedno z pierwszych podziemnych wydawnictw w kraju.
Przyjaźnił się z plastykiem Vladimírem Boudníkiem i pisarzem Bohumilem Hrabalem, który uwiecznił go w książce Czuły barbarzyńca. W 1954 roku zerwał nagle z dotychczasowym życiem towarzyskim i zajął się poszukiwaniami nowej drogi życiowej, związanej z duchowością wschodu. Po ukończeniu liceum dla dorosłych i zdaniu matury, w latach 1957–1961 studiował filozofię i psychologię na Uniwersytecie Karola. W tym okresie pracował jako stróż nocny w Muzeum Narodowym, potem w latach 1962–1967 w oddziale bibliograficznym Biblioteki Państwowej CSRS. W 1967 uzyskał tytuł doktorski i przeszedł na rentę. W swoich pracach filozoficznych porównywał filozofię Wschodu z tradycją zachodnią. Na początku lat 90.