Junta chcąc odzyskać popularność rozpoczęła wojnę z Hondurasem, która jednak okazała się bezowocna i pogłębiła tylko kryzys państwa. Spór salwadorsko-honduraski miał swoje źródła już w latach 20., gdy tysiące bezrolnych Salwadorczyków uciekało do Hondurasu w poszukiwaniu pracy. Pod koniec lat 60. rząd honduraski pod presją żądań społecznych wprowadził reformę rolną, która jednak represjonowała społeczność salwadorską, liczącą ok. 3000 osób – na mocy reformy zostały im skonfiskowane majątki. Wszystkie te osoby zostały zmuszone do masowego powrotu do ojczyzny, co przestraszyło juntę obawiając się, że zażądają one reformy rolnej i przydziału ziemi. Atmosfera nienawiści przeciw sąsiadowi była sposobem odwrócenia uwagi od problemów wewnętrznych. 8 czerwca 1969 roku rozegrano w Tegucigalpie w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej mecz między Hondurasem a Salwadorem, wygrany przez gospodarzy 1:0. Tydzień później miał odbyć się rewanż w San Salvador. Mecz rozegrano w atmosferze nienawiści, z uzbrojonymi gwardzistami na stadionie. Salwador wygrał bez problemu 3:0, piłkarzy Hondurasu przewieziono do granicy wozami pancernymi, gdzie wyrzucono ich na ulicęRyszard Kapuściński, Wojna futbolowa, 1978.. Kilka dni później oba kraje zerwały stosunki dyplomatyczne między sobą. Mecz został powtórzony 27 czerwca Salwador wygrał 3:2.