W grudniu 1991 został mianowany wiceministrem bezpieczeństwa i kierownikiem delegatury ministerstwa bezpieczeństwa w Sankt Petersburgu. W okresie pracy w Sankt Petersburgu współpracował z administracją mera tego miasta, Anatolija Sobczaka, w tym z późniejszym prezydentem Rosji, Władimirem Putinem.
We wrześniu 1992 odszedł z pracy w ministerstwie bezpieczeństwie i powrócił do działalności parlamentarnej. Jesienią 1993 w trakcie konfliktu między Radą Najwyższą a prezydentem Borysem Jelcynem stanął po stronie Jelcyna. 24 września 1993 został mianowany pierwszym wiceministrem bezpieczeństwa, a w grudniu 1993, po reorganizacji ministerstwa, został powołany na stanowisko pierwszego wicedyrektora Federalnej Służby Kontrwywiadu.
3 marca 1994 został mianowany dyrektorem FSK (od 3 kwietnia 1995 – Federalna Służba Bezpieczeństwa). Pełniąc tę funkcję w latach 1994–1995 kierował działaniami kontrwywiadowczymi w ramach rosyjskiej akcji zbrojnej w Czeczenii. W czerwcu 1995 kierował sztabem kryzysowym w trakcie szturmu grupy czeczeńskich partyzantów pod wodzą Szamila Basajewa na Budionnowsk. Próba odbicia porwanych przez komando Basajewa zakładników zakończyła się śmiercią kilkudziesięciu z nich.