Fundacja sporządziła program prac remontowych i konserwatorskich, wykonała prace remontowe dachu, w tym wymieniono więźbę dachową i pokryto dach nowym poszyciem dachowym, usunięto drzewo rosnące tuż obok okna piwnicy wraz z korzeniami, które rozsadzały fundamenty. Uporządkowano również i oczyszczono odkrytą w 2002 roku piwnicę, w której mieściła się mykwa oraz szaleszides, czyli pomieszczenie, w którym religijni Żydzi spożywali szabasowe posiłki. Ostatnią pracą, jaką wykonano, było zabezpieczenie wejścia do piwnicy nowymi metalowymi drzwiami, odtworzenie okna oraz odrestaurowanie schodów.

Fundacja „Gęsia” planowała otworzyć dom modlitwy do celów kultowych oraz utworzyć w niej niewielkie muzeum judaistyczne. Większość funduszy na remont pochodziła bezpośrednio z kasy fundacji, ale pieniądze przekazała również Fundacja im. Stefana Batorego, a także prywatni darczyńcy z Polski i zagranicy.

1 czerwca 2005 roku Fundacja „Gęsia” na wniosek konserwatora zabytków Ryszarda Głowacza przerwała renowację budynku.

Po otwarciu Muzeum Warszawskiej Pragi sale dawnego domu modlitwy stały się częścią wystawy stałej.