Część Birmańczyków zaczęła jednak uprawiać bandytyzm i atakować mniejszości etniczne (przede wszystkim Karenów), które pod angielskimi rządami cieszyły się samorządnością – podlegały bezpośrednio urzędowi Gubernatora, a nie rządowi kolonialnemu złożonemu z Birmańczyków. Dlatego wspierały one partyzantkę organizowaną przez Brytyjczyków, a żołnierzy BIA uważały za zdrajców. Zdecydowanie wrogie nastawienie obu stron wywoływało prześladowania i krwawe pacyfikacje, na które Karenowie odpowiedzieli w końcu powstaniem. Stopniowo zaczęły się też pogarszać stosunki między BIA i Japończykami. Birmańczycy tworzyli w zajętych miastach Birmy własną administrację, podczas gdy japońskie władze zamierzały ją ustanawiać na własnych warunkach. W rezultacie na wiosnę 1942 r. BIA została rozwiązana.
Birmańska Armia Narodowa thumb|Birmańscy cywile i żołnierze BIA ze flagą narodową Na miejsce BIA Japończycy 27 lipca 1942 r. powołali Birmańską Armię Obronną (BDA) liczącą ok. 3 tys. ludzi i podporządkowaną japońskiej 15 Armii. Byli oni szkoleni przez japońskich instruktorów, a następnie grupowani w bataliony, co trwało w 2 poł. 1942 r. W sierpniu 1943 r. Birma otrzymała od Japonii nominalną niepodległość z własnym rządem pod przewodnictwem Ba Mawa.