Jeszcze w tym samym miesiącu Aung San założył wraz z komunistami tajną Organizację Antyfaszystowską (AFO), w której przejął kierownictwo wojskowe. Za jej pośrednictwem, a także zorganizowanej przez Japończyków Arakańskiej Armii Obronnej, dotarł do ruchu oporu sponsorowanego przez Brytyjczyków pod nazwą Force 136. W grudniu 1944 r. AFO przekazało aliantom gotowość zorganizowania na obszarze Birmy powstania antyjapońskiego, w którym wzięłaby udział również BNA. Brytyjczycy nie byli jednak pewni, czy jest to dogodny moment do takiego wystąpienia i czy należy wesprzeć BNA. Pomimo tego na pocz. 1945 r. doszło w centralnej Birmie do pierwszych wystąpień przeciwko wycofującym się Japończykom. Pod koniec marca został zajęty Rangun opuszczony bez walki przez wojska japońskie. 27 marca otwarcie zadeklarowano wojnę z Japończykami. Oddziały BNA zostały rozmieszczone po całym terytorium kraju z podziałem na 10 regionalnych dowództw. Przejęły one kontrolę nad większością głównych miast. Część z nich otrzymywała broń i jedzenie od wojsk alianckich działających w ich rejonie. Brytyjczycy mieli niejednoznaczny stosunek do Aung Sana.