W 1980 pracował na Synodzie Biskupów w Rzymie. Następnie był zatrudniony w Kurii Arcybiskupiej i Sądzie Arcybiskupim w Białymstoku. Pełnił funkcje dyrektora studium katechetycznego i kapelana „Solidarności” regionu Białystok. W latach 1981–1991 był zatrudniony w watykańskiej Kongregacji ds. Kościołów Wschodnich jako kierownik sekcji Kościoła obrządku bizantyjsko-ukraińskiego oraz sekcji Kościoła na Białorusi obrządku bizantyjsko-ruteńskiego. Był duszpasterzem w obozie dla emigrantów z Polski w Pavonie oraz współpracownikiem sekcji polskiej Radia Watykańskiego. W 1984 otrzymał godność prałata.

Podczas pracy w Watykanie był inwigilowany przez wywiad wojskowy PRL, który uważał go za swojego informatora, a uzyskane od niego informacje oceniał jako wartościowe. W tym czasie był też zarejestrowany jako współpracownik Służby Bezpieczeństwa PRL pod pseudonimem „Guastar” i miał przekazywać ważne informacje na temat polityki Watykanu wobec krajów Europy Środkowo-Wschodniej. Duchowny zaprzeczył współpracy z komunistycznymi służbami.