W 1994 został konsultorem Kongregacji ds. Kościołów Wschodnich, a w 1998 członkiem Centralnego Biura ds. Koordynacji Duszpasterskiej Ordynariatów Polowych w Kongregacji ds. Biskupów.
Konsekrował biskupa pomocniczego pelplińskiego Wiesława Śmigla (2012) i biskupa pomocniczego gdańskiego Zbigniewa Zielińskiego (2015). Był współkonsekratorem podczas sakr: biskupa pomocniczego wrocławskiego Edwarda Janiaka (1996), biskupa polowego Wojska Polskiego Tadeusza Płoskiego (2004), biskupa diecezjalnego sandomierskiego Krzysztofa Nitkiewicza (2009), biskupa pomocniczego warszawsko-praskiego Marka Solarczyka (2011), nuncjusza apostolskiego w Liberii Mirosława Adamczyka (2013) i biskupa pomocniczego gdańskiego Wiesława Szlachetki (2014).
Krytyka i następstwa Dwukrotnie, w marcu 2013 i w październiku 2019, zarzucono mu w mediach m.in. stosowanie mobbingu wobec podległych księży. W odpowiedzi na te publikacje w obronie arcybiskupa stawali jego współpracownicy kurialni i księża dziekani, którzy w oświadczeniach oceniali materiały dziennikarskie jako zniesławiające hierarchę. Po artykule w tygodniku „Wprost” z 2013 do nuncjusza apostolskiego w Polsce z zarzutami wobec arcybiskupa zgłosił się ksiądz Adam Świeżyński.