Występuje tu wiele gatunków roślin chronionych, a ze zwierząt chronionych należy wyróżnić bielika, wydrę i bobra.
Rzeki Powierzchnia powiatu podzielona jest zasadniczo pomiędzy zlewnie rzek Łupawy i Słupi oraz w niewielkiej części zlewnię Wieprzy. Do strefy ochronnej wód powierzchniowych należy cały obszar Parku Krajobrazowego „Dolina Słupi” i rezerwaty przyrody w tym regionie.
Jeziora Największe zgrupowania jezior znajdują się w części północnej i wschodniej powiatu słupskiego. Pierwszą grupę stanowią jeziora przybrzeżne. Są to kryptodepresyjne zbiorniki wodne, oddzielone od morza piaszczystymi mierzejami, o bardzo dużych powierzchniach, bardzo płytkie i o szybkim tempie wypłycania. Kolejną grupą są jeziora pochodzenia polodowcowego, przeważnie rynnowe, układające się w długie ciągi, połączone niewielkimi odcinkami rzek.
Ważniejsze jeziora to: Łebsko (7140 ha), Gardno (2468,1 ha), Dołgie Duże (156,4 ha), Głębokie (107,5 ha), Lewarowe (71,5 ha), Krzynia (70 ha), Obłęskie (Obłęże) (62,4 ha), Modła (61,9 ha).