Na czele organizacji stała początkowo Komisja Organizacyjna PON przekształcona w Komendę Naczelną PON na której czele stanął Michał Sokolnicki jako Komisarz Główny PON.Michał Sokolnicki, Rok czternasty, Londyn 1961, s. 54Włodzimierz Suleja, Andrzej Zięba, Sokolnicki Michał Hubert w: Polski Słownik Biograficzny t. XL, Warszawa-Kraków-Wrocław-Gdańsk 2000-2001 s. 80-87, wersja elektroniczna IPSB Praca Komendy została podzielona na trzy działy: organizacyjny kierowany przez Sekretarza PON Ksawerego Praussa, agitacyjny na czele z Leonem Wasilewskim i finansowy z Aleksandrem Malinowskim. Jednocześnie utworzono Radę PON do której weszli: Michał Sokolnicki, Wacław Tokarz, Ksawery Prauss, Leon Wasilewski, Aleksander Malinowski, Feliks Perl, Jan Wigura, Witold Jodko-Narkiewicz, Iza Moszczeńska, Stanisław Siedlecki, Marian Głuchowski, Karol Wodzinowski, Piotr Górecki i Zygmunt SzymanowskiJerzy Z. Pająk, O rząd i armię. Centralny Komitet Narodowy (1915-1917), Kielce 2003, s. 31-36. Komendzie Naczelnej PON podlegały komisariaty miast i powiatów. Zaplecze kadrowe stanowiło 45 Komisarzy PON i 300 członków organizacji wspieranych przez około 500 sympatykówMichał Sokolnicki, Rok czternasty, Londyn 1961, s. 106.