Sytuacja, jaka powstała po tym małżeństwie, wywarła wpływ na dzieje Flandrii i Hainaut. Pojawiły się głosy, że drugie małżeństwo Małgorzaty jest nieważne (bigamia), a dzieci z tego małżeństwa nie mają praw do tronu wyżej wymienionych hrabstw. Konflikt zaostrzył się w 1244 r., kiedy po śmierci Joanny Małgorzata została hrabiną Flandrii i Hainaut. Od razu rozpoczęła się wojna (tzw. I wojna sukcesyjna o Flandrię i Hainaut) pomiędzy synami Małgorzaty z pierwszego i drugiego małżeństwa – Janem z Avesnes i Wilhelmem de Dampierre.

W 1246 r. w konflikt wmieszał się król Francji Ludwik IX Święty, który doprowadził do zawarcia pokoju. Na jego mocy Hainaut miało przypaść potomkom Małgorzaty z domu Avesnes, a Flandria tym z domu Dampierre. Jan z Avesnes ogłosił się hrabią Hainaut, ale zmarł w 1257 r. Jego syn Jan został hrabią Hainaut po śmierci babki w 1280 r. We Flandrii w 1247 r. Małgorzata dopuściła do współrządów Wilhelma, ale ten zmarł w 1251 r.