minucie swoją jedyną bramkęFC Schalke 04 - VfL Bochum 4:2 (0:1) , a 26 kwietnia 1986 roku rozegrał ostatni mecz w Bundeslidze niemieckiej, kiedy to FC Schalke 04 w ostatniej 34. kolejce zremisował 2:2 z Bayerem 04 LeverkusenFC Schalke 04 - Bayer Leverkusen 2:2 (1:0) .
W sezonie 1986/1987 nie zagrał już w żadnym meczu ligowym z powodu kontuzji i został zmuszony w wieku zaledwie 22 lat zakończyć karierę piłkarską. Łącznie w Bundeslidze niemieckiej rozegrał 14 meczów i strzelił 1 bramkę.
Kariera trenerska Michael Skibbe po zakończeniu kariery piłkarskiej rozpoczął karierę trenerską. W latach 1988–1989 trenował zespół młodzieżowy FC Schalke 04, w latach 1989–1995 był koordynatorem do spraw szkolenia juniorów w Borussii Dortmund, w latach 1995–1998 był asystentem trenerów pierwszego zespołu: Ottmara Hitzfelda i Nevio Scali, a od 1 lipca 1997 do 1 lipca 1998 roku był trenerem drużyny rezerwBorussia Dortmund II: Coaches from A-Z . Następnie zastąpił Nevio Scalę na stanowisku trenera Borussii Dortmund, którym był do 6 lutego 2000 roku.
Od 27 lipca 2000 do 24 czerwca 2004 roku był asystentem Rudiego Völlera w reprezentacji Niemiec, która pod jego wodzą zajęła 2. miejsce na mistrzostwach świata 2002 w Korei i Japonii.