Po występie w melodramacie wojennym Wzgórze nadziei (Cold Mountain, 2003) z Jude’em Law, Nicole Kidman, Renée Zellweger, Philipem Seymourem Hoffmanem, Natalie Portman i Charlie Hunnamem oraz melodramacie biograficznym Dziewczynie z perłą (Girl with a Pearl Earring, 2003) u boku Colina Firtha i Scarlett Johansson jako prosty syn rzeźnika zagrał czarny charakter, wybitnego psychiatrę z Gotham City doktora Jonathana Crane’a w filmie fantasy Christophera Nolana Batman: Początek (Batman Begins, 2005), a za występ w produkcji został nominowany do nagrody MTV Movie Awards.
Za kreację chłodnego terrorysty pasażera samolotu o intensywnie niebieskich oczach mordercy w dreszczowcu Wesa Cravena Red Eye (2005) z Rachel McAdams i Jackiem Scalią zdobył nominację do nagrody Saturna. Rola syna księdza (Liam Neeson) i jego gosposi, która występuje jako transpłciowa kobieta na londyńskiej scenie w komediodramacie Neila Jordana Śniadanie na Plutonie (Breakfast on Pluto, 2005) przyniosła mu nominację do nagrody Złotego Globu.
W dramacie wojennym Kena Loacha Wiatr buszujący w jęczmieniu (The Wind That Shakes the Barley, 2006) zagrał młodego irlandzkiego lekarza, który porzuca karierę i w ślad za bratem wstępuje do partyzantki IRA.