Ważnym ośrodkiem założonym już w XVI wieku było Cusco. Na gruzach inkaskiej świątyni zbudowano klasztor Santo Domingo. Katedra w stylu Herrery zbudowana (1598–1668) to trójnawowy kościół halowy z kaplicami przylegającymi do naw bocznych. Przykryto ją gotyckimi, żebrowymi sklepieniami. Świątynię zaprojektował Francisco Becerry. W latach (1651–1657) otrzymała barokowy, trzypoziomowy portal (uważany za pierwsze barokowe dzieło Peru). Katedra stała się wzorem dla jezuickiego kościoła La Compañia (1651–1668) z portalem w formie retabulum (dzieło Diego Martineza z Oviedo) i kościoła San Pedro w Cusco oraz katedry San Francisco w Limie. Klasztor w Limie został założony w 1546 r., kościół zniszczony przez trzęsienie ziemi otrzymał nową, barokową fasadę odbudowaną (w latach 1669–1674) według projektu Constanina de Vasconcelos i Manuela de Escobara. Sposób wykonania konstrukcji sklepienia kościoła San Francisco różni się od metod znanych w Europie i jest charakterystyczny dla tego rejonu. W pierwszym etapie nad nawami wykonywano konstrukcję z plecionej trzciny. Na nią narzucano warstwę masy, która po związaniu zachowywała elastyczność. Taki rodzaj konstrukcji, tzw.