W czasie potopu szwedzkiego (1627–1660) Bukowo zostało splądrowane zarówno przez wojska szwedzkie, jak i polskie. W 1657 roku wybuchła zaraza, która znacznie zmniejszyła liczbę mieszkańców. Lustracja z 1665 roku odnotowała skutki wojny i epidemii – z 18 chłopów pozostało jedynie 8, z których sześciu określono jako ogrodników.
SołtysiHalwik Jakub Bonin, Jan Korzanki KarczmarzDeppa ChłopiJakub Beza Jerzy Ladwik, Ertman Rosti, Michał Templin, Marcin Dednicki, Paweł Labedy, Paweł Ditman Jakub Rubarti, Chłopi zamieszkujący dawniejStefan Templin, Jerzy Templin, Jerzy Freinwolt, Christian Fleming ChałupnicyMichał Gleler, Paweł Hedlinger, Piotr Brissow
Kolejna lustracja z 1696 roku wymieniała 13 domów i 8 gburów (chłopów), z których każdy posiadał około 64 hektary ziemi, sześć wołów i trzy konie.
W okresie wojny północnej (1700–1721) wieś ponownie została splądrowana przez przemieszczające się oddziały wojskowe: najpierw szwedzkie (1703–1706), następnie rosyjskie i saskie, a pod koniec wojny (1715) – koronne. W 1709 roku obszar starostwa człuchowskiego dotknęła epidemia dżumy. W 1753 roku Bukowo liczyło około 200 mieszkańców.