W 1976 został sekretarzem FRETILIN na wschodnim wybrzeżu w regionie Matebian. Od 1975 do 1999 działał w ruchu oporu, zajmując różne kierownicze stanowiska w strukturach FRETILIN. W lipcu 2001 mianowany przewodniczącym FRETILIN podczas I Kongresu Narodowego partii. W wyniku wyborów z 30 sierpnia 2001, wygranych przez FRETILIN, dostał się do Zgromadzenia Konstytucyjnego. 15 września 2001 został wybrany przewodniczącym Zgromadzenia Konstytucyjnego. 20 maja 2002, w dniu uzyskania przez Timor Wschodni niepodległości, Zgromadzenie Konstytucyjne zostało przekształcone w Parlament Narodowy, którego przewodniczącym pozostał Guterres. W maju 2006 został ponownie wybrany na przewodniczącego partii FRETILIN.
Guterres wziął udział w pierwszych wyborach prezydenckich w niepodległym Timorze Wschodnim. W pierwszej turze wyborów 9 kwietnia 2007 zajął pierwsze miejsce z wynikiem 29% głosów poparcia, wyprzedzając m.in. premiera José Ramosa-Hortę (23% głosów). W drugiej turze przegrał jednakże z Ramosem-Hortą, uzyskując niecałe 31% głosów poparcia. 8 sierpnia 2007, po wyborach parlamentarnych, utracił stanowisko przewodniczącego Parlamentu Narodowego. W sierpniu 2011 po raz kolejny został wybrany przewodniczącym partii w głosowaniu powszechnym.