Teoretycznie wszystkimi sprawami wojskowymi zarządzała Centralna Komisja Wojskowa, ale w rzeczywistości organ ten miał głównie charakter symboliczny i niewielką władzę. Dowódcy Armii Nankińskiej mogli działać bez większej ingerencji ze strony rządu Wang Jingweia i w wielu przypadkach byli to dawni watażkowie lub byli oficerowie Narodowej Armii Rewolucyjnej Czang Kaj-szeka. Wang początkowo rekrutował swoje oddziały spośród byłych żołnierzy nacjonalistycznych i oddziałów kolaboracyjnych, które wcześniej służyły Rządowi Tymczasowemu i Rządowi Reformowanemu, a które zostały zjednoczone pod jego dowództwem. W „Japońsko-Chińskim Porozumieniu o Sprawach Wojskowych” podpisanym przez Japonię i Zreorganizowany Rząd Narodowy, Japończycy zgodzili się wyszkolić i wyposażyć nieokreśloną liczbę dywizji dla Armii Nankińskiej. Dostarczono im głównie jeńców z armii nacjonalistycznej oraz ich sprzęt wraz z niewielkimi ilościami japońskiej broni.