W 1996 r. uczelnia uzyskała pełną autonomię w następstwie pozyskania praw do przeprowadzania przewodów doktorskich i habilitacyjnych w dziedzinie sztuki. W okresie 25 lat (1974-1999) Akademię ukończyło 1127 dyplomantów. W 2004 r. kadrę AM stanowiło 133 nauczycieli akademickich, w tym 49 profesorów (33 tytularnych), 25 adiunktów i 13 asystentów. Na uczelni studiowało wówczas 432 osób, w tym 335 na studiach stacjonarnych, 22 – zaocznych i 75 – podyplomowych. W latach 2002–2009 na uczelni wzrosła liczba nauczycieli akademickich ze 120 do 150 osób, w tym profesorów z 45 do 55, zaś liczba studentów wzrosła o 40% do 474 osób.
W 2007 r. uczelnia otrzymała od Opery Nova zabytkowy budynek przy ul. Gdańskiej 20, wzniesiony w 1887 r., nazywany Pomorskim Domem Sztuki. Od tego czasu jest on przekształcany w nowoczesny budynek dydaktyczny z reprezentacyjną salą koncertową. Od 2009 r. AM realizuje europejskie projekty inwestycyjne dotyczące głównie w.w.