Awansował wówczas do stopnia pułkownika.
Wojna domowa w Rosji Po wybuchu rewolucji bolszewickiej jesienią 1917 r., opowiedział się po stronie białych. Wiosną 1918 r. utworzył kontrrewolucyjny oddział Kozaków w rejonie Batałpaszińska na Kubaniu. W maju i czerwcu przeprowadził najazdy na Stawropol, Jesientuki i Kisłowodzk. Przyłączył się do Armii Ochotniczej gen. Antona I. Denikina. Objął wówczas dowództwo brygady Kozaków Kubańskich, która wkrótce rozrosła się do wielkości dywizji. Od maja 1919 r. dowodził w stopniu generała porucznika korpusem kawalerii. Wojska gen. A. G. Szkuro wyróżniały się szczególną brutalnością i niezdyscyplinowaniem, co powodowało niezadowolenie dowództwa białogwardyjskiego, ale także dużym bohaterstwem; on sam był kilkakrotnie ranny. Po objęciu dowództwa sił białych przez gen. Piotra N. Wrangla został w marcu 1920 r. pozbawiony dowodzenia, w związku z czym złożył rezygnację. Uważał, że obaj głównodowodzący wojskami białych niezbyt efektywnie wykorzystywali możliwości społeczeństwa kozackiego, nie rozumiejąc jego potrzeb. Jego decyzje doprowadziły do wydzielenia się środowisk Kozaków z ruchu białych, pomimo że były one zdecydowanie antybolszewickie.