Od 1997 r. zgodnie z Decyzją dowódcy Marynarki Wojennej minerski patrol rozminowania rozpoczął kompleksowe oczyszczanie Półwyspu Helskiego. Oczyszczanie to zostało zakończone w 2000. W wyniku rozminowania usunięto ponad 53 tysiące różnego rodzaju niewybuchów.
W 1999 r. wspólnie z Grupą Płetwonurków Minerów 13 Dywizjonu Trałowców, batalion uczestniczył w oczyszczaniu poligonu morskiego P-2. Kadra i marynarze jednostki wyburzyli dwa budynki na terenie byłej elektrociepłowni dla potrzeb Filharmonii Bałtyckiej w Gdańsku.
Wybudowali też dwa pomosty spacerowe w Ośrodku Prezydenckim w Helu i molo dla Harcerskiego Ośrodka Wodnego w Pucku.
W następnych latach uczestniczy w demontażu i budowie nowego mola spacerowego w Juracie, pracach wyburzeniowych nabrzeża portowego KPW Hel.
Współpraca z władzami samorządowymi zaowocowała powstaniem Społecznego Komitetu Fundacyjnego Sztandaru dla 43 Batalionu Saperów, który 22.04.2003 r. został przekazany na ręce dowódcy batalionu.
Od 2005 r. rozpoczął się proces przeniesienia jednostki do Rozewia. Przebazowanie batalionu do nowego miejsca stacjonowania nastąpiło w grudniu 2006 r.