Wielka Kępa objęta jest także siecią obszarów Natura 2000 pn.: Dolina Dolnej Wisły (obszar specjalnej ochrony ptaków) i Solecka Dolina Wisły.
Historia Geneza wsi ma związek z osadnictwem olęderskim w dolinie zalewowej Wisły w XVII wieku, popieranym przez szlacheckich właścicieli majątku ostromeckiego. Pierwszymi osadnikami byli mennonici, którzy uzyskali ziemię jako czasową dzierżawę, spełniając za użytkowanie gruntów okresowe opłaty w formie czynszów pieniężnych. Warunki pracy, choć utrudnione przez okresowe zalewy Wisły, rekompensowane były wolnością osobistą chłopów. Nizina nadwiślańska posiadała tu urodzajne mady, powstałe w wyniku osadzania się ilastych i organicznych substancji w czasie wylewów rzeki. W czasie przyborów wody rozdzielała się na kilka wysp. W XVIII i XIX wieku wieś skolonizowana przez olędrów słynęła z wysokiej kultury rolnej.
Ze spisu majątku ostromeckiego z 1787 roku wynika, że w Wielkiej Kępie mieszkało 116 osób. Natomiast z zestawienia podatkowego i spisu ludności w 1812 roku wynika, że wieś zaliczała się do najbogatszych w majoracie ostromeckim. W I połowie XIX wieku nastąpiła kolonizacja niemiecka w wyniku zmian strukturalnych wynikających z pruskiej ustawy uwłaszczeniowej.