Wraz z liftingiem, ze współpracą z niemiecką firmą Porsche, zwiększono moc silnika V6 z 230 do 255 KM, dzięki czemu pojazd osiąga 100 km/h w czasie 5,8 s oraz prędkość maksymalną 250 km/h.

Kolejna modernizacja pojazdu miała miejsce jesienią 2003 roku, kiedy pojawił się model „Phase 3”. Zakres zmian był jednak niewielki i ograniczał się głównie do kosmetyki poprawiającej nieco wygląd samochodu (m.in. Delikatne przemodelowanie przedniego zderzaka czy „nerek” atrapy chłodnicy.). W tej formie auto dotrwało do 2005 roku, kiedy zaprezentowano jego następcę – Clio III. Nie spowodowało to jednak zakończenia produkcji Clio II.

Samochód po następnej modernizacji ("Phase 4"), po debiucie Clio III był w dalszym ciągu oferowany na niektórych rynkach pod nazwą Clio Storia lub Clio Campus (m.in. w Polsce). Aby unowocześnić przestarzałą sylwetkę Renault zmieniło lekko wygląd wersji Storia/Campus. Zmianie uległ tył,przód oraz podzespoły. Następca modelu Thalia został zaprezentowany w 2008 roku na bazie modelu II, a nie III generacji.

Kolejna modernizacja (Phase V), miała miejsce w 2009 roku.