Pod koniec września wraz z resztkami swojej jednostki przedostał się do Lasów Augustowskich.

Po przedostaniu się do Warszawy, zaangażował się w działalność konspiracyjną w ramach Związku Walki Zbrojnej. Zorganizował placówkę wywiadowczą pod kryptonimem „Zygmunt”, która za pośrednictwem ambasady japońskiej przekazywała meldunki do placówki Oddziału II w Berlinie. Meldunki te przez Sztokholm docierały do Sztabu Najwyższego Wodza w Londynie. Po agresji Niemiec na ZSRR 22 czerwca 1941 r., został przeniesiony do wydzielonej organizacji dywersyjnej „Wachlarz”. Został zastępcą dowódcy IV Odcinka, płka. Witolda Komierowskiego, a po jego wyrzuceniu w maju 1942 r., objął dowodzenie Odcinkiem. Wobec nadal pojawiających się nieprawidłowości w jego działalności 28 września został wezwany do sztabu „Wachlarza” w Warszawie, gdzie zarzucono mu zatajanie matactw poprzedniego zwierzchnika i pozbawiono dowództwa.