Pozbawiony świeżych odwodów i świadom, że dywizja gen. Dominique'a Vandamme'a nie zdąży na pole bitwy; Jourdan musiał w końcu uznać się za pokonanego. Wydał rozkaz do generalnego odwrotu. W jego trakcie straż tylna gen. Charles'a Lefebvre'a toczyła zacięte walki osłonowe; jej 67. pułk liniowy i 25. pułk lekki poniosły bardzo ciężkie straty i trzeba je było odbudować niemal od podstaw. Na szczęście fatalna w skutkach szarża nie zmarnowała wszystkich pułków francuskiej kawalerii. Te które ocalały wzięły na siebie ciężar osłony odwrotu pobitej armii – 1. i 27. pułk dragonów, 4. i 5. pułk huzarów oraz 1., 8. i 10. pułk strzelców konnych. Na pobojowisku pozostało ponad 4 000 żołnierzy francuskich, w tym 2 000 poległych i rannych. Taktyka austriacka, choć przyniosła efekt, okazała się w sumie bardzo kosztowna – linia francuskiego oporu w końcu zaczęła pękać, jednak zostało to opłacone stratą około 5 800 żołnierzy, w tym blisko 2 900 poległych i rannych. Porażka pod Stockach zmusiła Jourdana do odwrotu ze Schwarzwaldu z powrotem nad linię Renu w celu oparcia się plecami o tę naturalną przeszkodę. To dawało szanse na zatrzymanie austriackiej ofensywy mniejszymi siłami.