Filip Trojan (ur. 21 lutego 1983 w Třebíču), czeski piłkarz, występuje na pozycji pomocnika.
Kariera klubowa Trojan treningi rozpoczynał w Slavii Třebíč, a następnie przeszedł do Slavii Praga. W 1999 roku trafił do juniorów niemieckiego FC Schalke 04. W 2001 roku został włączony do jego pierwszej drużyny. W 2002 roku zdobył z klubem Puchar Niemiec. W Bundeslidze zadebiutował 11 września 2002 roku w zremisowanym 1:1 spotkaniu z VfB Stuttgart. W sezonie 2003/2004 Trojan został oddelegowany do zespołu rezerw, występującego w Regionallidze Nord.
W 2004 roku Trojan odszedł do zespołu VfL Bochum z Bundesligi. Pierwszy ligowy mecz zaliczył tam 11 września 2004 roku przeciwko Borussii Dortmund (2:2). W 2005 roku spadł z klubem do 2. Bundesligi, ale po roku powrócił z nim do Bundesligi. W Bochum spędził jeszcze rok.
W 2007 roku Trojan przeszedł do drugoligowej ekipy FC St. Pauli. Spędził tam 2 lata. W 2009 roku przeniósł się do pierwszoligowego 1. FSV Mainz 05. W jego barwach zadebiutował 5 lutego 2010 roku w zremisowanym 0:0 pojedynku z VfL Bochum. Latem 2010 roku został wypożyczony do drugoligowego MSV Duisburg.