Życiorys Dzieciństwo Hundertwasser był jedynym dzieckiem bezrobotnego inżyniera Ernsta Stowassera i Elsy Stowasser. Ojciec zmarł na zapalenie wyrostka robaczkowego trzynaście dni po pierwszych urodzinach syna. Od tego czasu wychowaniem syna zajmowała się tylko matka. W roku 1936 Hundertwasser uczęszczał do szkoły Montessori w Wiedniu. Po roku matka zabrała go stamtąd, uważając, że szkoła jest za droga i nie przygotuje syna do życia. Chociaż była żydówką, w roku 1937 ochrzciła syna, a w roku 1938, po przyłączeniu Austrii do Niemiec, zezwoliła mu na wstąpienie do Hitlerjugend. Nalot brytyjsko-amerykański na Wiedeń w 1944 roku Hundertwasser i jego matka przetrwali w piwnicy domu w pobliżu Kanału Dunajskiego. Udało im się przeżyć wojnę, chociaż cała rodzina ze strony matki została wymordowana.