Rzecznik praw dziecka 23 lipca 2008 został wybrany przez Sejm na urząd rzecznika praw dzieckaUchwała Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 23 lipca 2008 r. w sprawie powołania Rzecznika Praw Dziecka ().. Senat zatwierdził ten wybór następnego dniaUchwała Senatu Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 24 lipca 2008 r. w sprawie wyrażenia zgody na powołanie Rzecznika Praw Dziecka ().. 25 lipca 2008 Marek Michalak złożył ślubowanie przed Sejmem, rozpoczynając pięcioletnią kadencję. Powołany na funkcję przewodniczącego Europejskiej Sieci Rzeczników Praw Dziecka ENOC z siedzibą w Strasburgu na okres 2011–2012; w kadencjach 2010–2011 i 2012–2013 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego. W 2011 został powołany na funkcję specjalisty Komitetu Rozwoju Człowieka Polskiej Akademii Nauk.
12 lipca 2013 wybrany przez Sejm na drugą kadencję na urząd RPDUchwała Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 12 lipca 2013 r. w sprawie powołania Rzecznika Praw Dziecka ().. 9 sierpnia 2013 wybór zatwierdził SenatUchwała Senatu Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 9 sierpnia 2013 r. w sprawie wyrażenia zgody na powołanie Rzecznika Praw Dziecka ()., a 27 sierpnia 2013 Marek Michalak złożył ślubowanie przed Sejmem, rozpoczynając kolejną pięcioletnią kadencję.