Rodzina 9 kwietnia 1385 r. poślubił Małgorzatę Bawarską, córkę Albrechta I Bawarskiego i Małgorzaty, córki Ludwika I, księcia brzeskiego. Jan i Małgorzata mieli razem syna i siedem córek: Małgorzata (1390 – 30 stycznia 1441), żona Ludwika Walezjusza, księcia Gujenny, i Artura III, księcia Bretanii Katarzyna (1391–1414), pani de Guise Maria (1393 – 30 października 1463), żona Adolfa II, księcia Kleve Izabela (1395 – 18 września 1412), żona Olivera de Blois-Bretagne, hrabiego Penthievre Filip III Dobry (30 czerwca 1396 – 15 czerwca 1467), książę Burgundii Joanna (październik 1399–1401) Anna Burgundzka (1404 – 14 listopada 1432), żona Jana Lancastera, 1. księcia Bedford Agnieszka Burgundzka (1407 – 1 grudnia 1476), żona Karola I, księcia de Burbon
Jan miał również następujące dzieci z nieprawego łoża:
Z Agnes de Croy: Jan de Bourgogne (1404 – 27 kwietnia 1480), biskup Cambrai, arcybiskup Treves, pan de Herlaer
Z Marguerite van Borsselen: Guy Bastard von Burgund (zm. 1436), pan de Kruybeke, ożenił się z Johanną von Schagen, miał z nią syna Philippa Anton Bastard von Burgund Philipotte de Bourgogne (zm.