w okresach niskiego poziomu wody w pierwszych latach XXI wieku na odsłoniętym, piaszczystym dnie jeziora notowano również lęgi rybitwy rzecznej. Postępująca degradacja wilgotnych siedlisk łąkowych w Parku związana z opadającym poziomem wód gruntowych oraz rozwojem turystyki spowodowała wycofanie się z tych terenów ptaków siewkowych gniazdujących na łąkach: rycyków, kszyków, krwawodziobów i czajek. Jesienią na obszarze Parku można zaobserwować duże stada wędrujących gęsi oraz noclegowiska żurawi. Zimą na głębszych jeziorach Parku, szczególnie na Jeziorze Powidzkim, gromadzą się zimujące ptaki, przede wszystkim duże stada łysek, kaczki nurkujące (czernica, głowienka, gągoł), w tym morskie (ogorzałka, uhla), tracze (nurogęś, bielaczek), a także nury (nur czarnoszyi, nur rdzawoszyi) i perkozy (perkoz dwuczuby, perkoz rogaty).
Ichtiofauna Parku jest bogata ze względu na rozmiary i różnorodność zbiorników wodnych. Rozległe, czyste i głębokie jeziora Parku są jednymi z nielicznych w Wielkopolsce miejsc naturalnego występowania sielawy oraz siei – ten drugi gatunek został jednak w Jeziorze Powidzkim wytępiony w latach 90. XX wieku, a obecnie obserwowane osobniki pochodzą z zarybień. Innym reintrodukowanym gatunkiem jest sum europejski.