Następnie strzelił dwie bramki przeciwko Wigan Athletic w zwycięskim spotkaniu 4-0.
Fani Arsenalu dwa razy z rzędu głosowali na niego i zostawał Graczem Miesiąca i zaczęli go nazywać „Verminatorem”. Potem jednak strzelił samobójczego gola w meczu na własnym boisku z Chelsea, po dośrodkowaniu Ashley'ego Cole. Mecz zakończył się przegraną 0:3 na Emirates Stadium.
Vermaelen stał się znany jako obrońca, który często strzela bramki. Strzelił ich wiele w pierwszej połowie sezonu 2009/2010. W uznaniu za jego zasługi, został nominowany do nagrody belgijskiego Sportowca Roku. Vermaelen zakończył sezon z 45 meczami i ośmioma golami we wszystkich rozgrywkach na swoim koncie.
2010-11 W przedsezonowych meczach sezonu 2010/2011 Vermaelen był kapitanem Arsenalu w meczu z A.C. Milanem na Emirates Cup, gdyż w składzie nie było pierwszego kapitana Cesca Fàbregasa, ani wicekapitanów Manuela Almunii i Robina van Persiego. Vermaelen zagrał we wszystkich trzech pierwszych meczach Arsenalu, zanim doznał kontuzji ścięgna Achillesa podczas zgrupowania reprezentacji Belgii.