5 listopada Vermaelen strzelił drugiego gola w wygranym 3:0 meczu z West Bromwich Albion. Wystąpił także w zremisowanym spotkaniu 1-1 z Fulham 26 listopada, kiedy strzelił bramkę samobójczą w 65. minucie, ale odkupił swoje winy i trafił bramkę wyrównującą w 82. minucie dla Arsenalu, dzięki niemu wynieśli z tego spotkania punkt. 3 grudnia Vermaelen strzelił drugiego gola w spotkaniu przeciwko Wigan, wygrywając mecz 4-0. 12 marca 2012 Vermaelen strzelił zwycięską bramkę w 95. minucie przeciwko Newcastle United. Przebiegł całe boisko, aby strzelić gola po dośrodkowaniu Theo Walcotta. W następnym meczu zamienił dośrodkowanie z rzutu różnego Robina van Persiego w bramkę, zdobywając jedynego gola Arsenalu w wygranym 0-1 meczu z Evertonem na Goodison Park. 16 kwietnia 2012 roku doprowadził do strzelenia gola po dośrodkowaniu Tomáša Rosický'ego z Wigan Athletic, aby trafić honorową bramkę na 1-2, gdyż przeciwnik już wcześniej objął dwubramkowe prowadzenie.