Dzielili się na trzy grupy: „doskonałych”, „słuchaczy” oraz „wierzących”. Do każdej z nich stosowały się odrębne przepisy, różniące się stopniem surowości. Tak więc „doskonali” zobowiązani byli do ścisłej ascezy, dbałości o gminę oraz nauczania. Kierowali oni gminą, stanowiąc zarazem jej starszyznę i apostołów.
Również w zakresie teorii dotyczących powstania świata bogomilizm odwołuje się do manicheizmu, w niewielkim stopniu go modyfikując. Pierwotnie istniał samotnie panujący Bóg a Syn Boży i Duch Święty istniały w Nim jako emanacje. Bóg następnie zrodził dwóch synów, pierworodnego Satanaela i Logosa (Chrystusa). Satanael był gospodarzem niebieskim jednak zbuntował się przeciw Ojcu i został wygnany wraz z niektórymi aniołami. Chcąc mieć własne królestwo stworzył świat materialny wraz z nowym niebem. Ulepił pierwszego człowieka i poprosił Boga o tchnienie weń życia – na mocy tego układu człowiek miał być wspólną własnością Boga i Satanaela. Bóg tchnął życie w Adama oraz w Ewę (według innych źródeł Satanael wykradł duszę Bogu i włożył ją do ciała ludzkiego przez usta). Następnie Satanael uwiódł Ewę, z którą spłodził Kaina oraz Kalomenę (Adam spłodził z Ewą Abla i Seta). Bóg, chcąc jednak uratować dusze ludzkie zesłał na świat swojego drugiego syna, Logosa.