Określenie przez Jaspersa transcendencji jako krańcowej nieobiektywności skłoniło niektórych filozofów do uznania go za monistę, choć on sam nieustannie podkreślał konieczność traktowania zarówno pojęcia subiektywizmu jak i obiektywizmu jako ważnych.
Choć odrzucał główne doktryny religijne, łącznie z pojęciem osobowego Boga, wywarł wpływ na współczesną teologię poprzez swą filozofię transcendencji i ograniczeń związanych z ludzkim doświadczeniem. Sam znajdował się pod silnym wpływem mistycznej tradycji chrześcijańskiej, szczególnie tej wyrażanej w poglądach Mikołaja z Kuzy i Mistrza Eckharta. Interesował się też filozofą Wschodu, zwłaszcza buddyzmem. Wdał się także w polemikę z Rudolfem Bultmannem, krytykując jego „demitologizację” chrześcijaństwa.
Jaspers pisał wiele na temat zagrożenia ludzkiej wolności przez nowoczesną naukę, ekonomię i instytucje polityczne. Podczas II wojny światowej zmuszony był do porzucenia posady wykładowcy, gdyż jego żona była Żydówką. Po wojnie wrócił na swe stanowisko, a w pracy Kwestia winy niemieckiej (1946, Die Schuldfrage) obarczył państwo niemieckie odpowiedzialnością za okrucieństwa hitlerowskiej III Rzeszy.