Władzami Towarzystwa są: Walne Zgromadzenie Delegatów, Zarząd Główny i jego Prezydium oraz Główna Komisja Rewizyjna. Walne Zgromadzenie Delegatów jest najwyższą władzą Towarzystwa i jest zwoływane co najmniej raz na trzy lata. Towarzystwo działa w piętnastu oddziałach regionalnych i trzynastu sekcjach specjalistycznych. Należy do niego około 1000 członków zwyczajnych, nadzwyczajnych i wspierających. Członkiem Towarzystwa może zostać każdy, kto interesuje się szeroko pojętą botaniką, zarówno profesjonalista jak i amator. Tytuł członka honorowego nadawany jest wybitnym botanikom polskim i zagranicznym.
Za wybitne osiągnięcia naukowe w dziedzinie botaniki Polskie Towarzystwo Botaniczne nadaje medal im. Władysława Szafera. Za zasługi w upowszechnianiu wiedzy botanicznej i ochrony przyrody jest przyznawany Medal im. Profesora Bolesława Hryniewieckiego. Młodym polskim naukowcom za publikacje o wybitnych walorach naukowych jest przyznawana Nagroda PTB dla młodych pracowników nauki.
Od 2001 Oddział Poznański PTB nadaje Medal im. Profesora Zygmunta Czubińskiego za wybitne prace naukowe, mające charakter regionalnych monografii geobotanicznych.
Zjazdy członków towarzystwa odbywają się co trzy lata.