Upadek malczyckich zakładów w latach 90. XX wieku sprawił, że na liniach tych praktycznie zamarł ruch towarowy. Ponadto, brak należytego utrzymania sprawił, że linia do Jawora jest całkowicie, zaś do Marciszowa częściowo nieprzejezdna. Obecnie ruch pociągów odbywa się w zasadzie wyłącznie na głównej linii Wrocław Muchobór – Guben, stanowiącej część magistrali kolejowej E30. Spośród pociągów pasażerskich, w Malczycach zatrzymują się wyłącznie pociągi osobowe i osobowe przyspieszone.
W ramach modernizacji Linii kolejowej E-30 Opole – Wrocław – Legnica – Węgliniec – Zgorzelec/Bielawa Dolna w dniu 6 marca 2009 r. PKP Polskie Linie Kolejowe SA podpisały umowę na „Odbudowę i modernizację linii kolejowej E30/CE30 szlak Środa Śląska – Malczyce wraz ze stacją Malczyce”. Wartość umowy wynosi 167 221 315 zł netto zaś jej termin realizacji wynosi 18 miesięcy od daty podpisania. Zgodnie z umową roboty na ok. 10 km dwutorowym szlaku linii kolejowej obejmują kompleksową wymianę torów i rozjazdów, odwodnienie, sieć trakcyjną, urządzenia łączności, elektroenergetyki.