powróciwszy do Polski wstąpił jako ochotnik do armii powstańczej, gdzie w randze kapitana był lekarzem wojskowym.
Po upadku powstania powrócił do pracy zawodowej w służbie państwowej i był kolejno fizykiem (lekarzem miejskim) w Kielcach i Radomiu, zaś później inspektorem lekarskim obu tych guberni. Od roku 1862 do śmierci piastował funkcję inspektora lekarskiego w m.st. Warszawie, przy czym szczególnie się wyróżnił przy zwalczaniu epidemii cholery, która wybuchła w roku 1866.
Przez wiele lat Freyer był aktywnym członkiem Towarzystwa Warszawskiego Lekarskiego i opublikował na łamach jego czasopism wiele artykułów z dziedziny higieny i medycyny społecznej oraz zwalczania śmiertelności wśród niemowląt.
thumb|Epitafium Jana Karola Freyera obok grobowca rodzinnego na Cmentarzu Ewangelicko-Augsburskim w Warszawie Żonaty z Rozalią z Glogerów, miał kilku synów, z których najbardziej wyróżnił się Antoni, wybitny farmaceuta. Pochowany został na Cmentarzu Ewangelicko-Augsburskim w Warszawie (al. 7 nr 36)śp. JAN KAROL JERZYSŁAW FREYER.