Ogólnych:
Centrum Badawcze Ochrony i Rozwoju Ziem Górskich Centrum Badawczo-Rozwojowe 4.0 Europejskie Centrum Badawcze Drobnych Gospodarstw Rolnych Obserwatorium Rozwoju i Dziedzictwa Kulturowego Regionów Wydawnictwo URK
Ponadto: Biuro Bezpieczeństwa i Higieny Pracy oraz Ochrony Przeciwpożarowej Biuro Karier i Kształcenia Praktycznego Biuro Kontroli i Audytu Wewnętrznego Biuro Marketingu i Komunikacji Biuro Monitorowania i Ewaluacji Strategii Biuro Nauki Biuro Programów i Jakości Kształcenia Biuro Pomocy Materialnej Biuro Prawne Biuro Rekrutacji na Studia Biuro Rektora Biuro Rozwoju Uczelni i Kadr Naukowych Biuro Spraw Osobowych Biuro Wsparcia i Dostępności Centrum Informatyki Centrum Kongresowe Inspektor Obrony Cywilnej i Spraw Obronnych Inspektor Ochrony Danych Leśny Zakład Doświadczalny w Krynicy Zdroju Rolnicze Gospodarstwo Doświadczalne URK oraz Piony Kanclerza i Kwestora.
Organizacje Chór Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie Fundacja Uniwersytetu Rolniczego im.