Nazwa Nazwa miasta pochodzi od dawnej osady Budivojovice. Do tego wyrazu, który z biegiem czasu przybrał współczesną formę, w okresie wojen husyckich zaczęto dodawać przymiotnik „Czeskie”, początkowo zarówno w języku czeskim, jak i niemieckim (Böhmisch Budweis). W XVIII wieku, wraz ze wzrostem napięć etnicznych, nastąpił rozdział nazwy w obu językach – Czesi najczęściej nadal nazywali miasto České Budějovice, natomiast miejscowi Niemcy przestali używać przymiotnika Böhmisch (również w języku czeskim nazwa pojawiała się czasem bez przymiotnika). W 1920 rząd Czechosłowacji oficjalnie ustalił nazwę miasta jako České Budějovice/Böhmisch Budweis. W okresie Protektoratu Czech i Moraw usunięto przymiotnik w obydwu językach, a po 1945 powrócono do nazwy przedwojennej.