W późnym okresie Heian popularność zyskał buddyzm Czystej Krainy (Jōdo), obiecując swoim wyznawcom miejsce w Zachodnim Raju Buddy Amidy, czyli w Czystej Krainie. W rezultacie ogrody budowano tak, aby przypominały ten buddyjski raj. Żaden kompletny ogród Czystej Krainy nie przetrwał, jednak np. w świątyni Byōdō-in w Uji zachowało się wiele elementów tego typu ogrodu. Kamakura, Muromachi-Ashikaga W okresach Kamakura i Muromachi-Ashikaga (1192–1573) zakończyło się przesunięcie władzy z dworu arystokratycznego na elitę wojskową. Władcy wojskowi przyjęli nowo wprowadzony buddyzm zen, który wywarł silny wpływ na projektowanie ogrodów, często budowanych przy budynkach świątynnych, aby pomóc mnichom w medytacji i rozwoju religijnym, a nie w celach rekreacyjnych.
Ogrody stały się mniejsze, prostsze, zachowując jednak wiele elementów z przeszłości, jak: stawy, wyspy, mosty i wodospady. Ekstremalnym osiągnięciem w kierunku minimalizmu stał się ogród suchego krajobrazu karesansui, do tworzenia którego wykorzystuje się wyłącznie skały, żwir i piasek. Wiele ogrodów z tego okresu przetrwało w Japonii do dziś, zwłaszcza w wiodących świątyniach zen w Kioto: Ryōan-ji, Daitoku-ji, Tenryū-ji.