Praca pedagogiczna Działalność pedagogiczną podjął w 1933/34 – uczył solfeżu w Szkole Muzycznej im. W. Żeleńskiego w Krakowie. Po wojnie poświęcił się kształceniu pianistów. W 1946/47 uczył w Państwowej Średniej Szkole Muzycznej w Lublinie. Był jednym z założycieli Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Sopocie, pełniąc w pierwszych latach jej istnienia funkcję rektora (1947–1948). W 1953 uzyskał tytuł naukowy profesora sztuk muzycznych i został profesorem Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Warszawie, a w latach 1964–1972 i od 1974 kierownikiem katedry fortepianu. W latach 1962–1969 wykładał w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Krakowie* Tadeusz Przybylski, Z dziejów nauczania muzyki w Krakowie od średniowiecza do czasów współczesnych. Kraków 1994. , s. 231.. Był członkiem Polskiej Akademii Umiejętności. Ponadto od 1960 wykładał na kursach mistrzowskich dla pianistów w Annecy, Hamburgu, Bonn, Kolonii, Darmstadcie, Mannheimie, São Paulo, Tokio i innych. Jego uczniami są m.in. Bronisława Kawalla, Piotr Paleczny, Alicja Paleta-Bugaj, Yuko KawaiRMF Classic, August 28, 2013, "Prof. Jan Ekier kończy 100 lat"TVP.INFO, August 15, 2014, "Wybitny chopinolog, muzyk, pedagog.