Rekonstrukcja Od 10 maja 2012 roku na Dworcu Głównym trwa przebudowa linii trakcyjnej. Prace zaplanowano etapowo na okres kolejnych 9 miesięcy. Powodem odbudowy była awaryjność linii trakcyjnej, którą uruchomiono w 1967 roku. Renowację planowano 10–15 lat temu. Rozebrano pierwotną linię trakcyjną i zamontowano nowe podpory bramy oraz wsporniki izolowane pionowo.
Planowanej przebudowy budynku dworca na razie nie widać. Nie przeprowadzono rekonstrukcji czwartego korytarza, a piąty korytarz jest rekonstruowany wyłącznie od stacji Bratysława-Rača.
Latem 2018 roku wyremontowano dawną restaurację w starej części dworca i przebudowano ją na poczekalnię. Krytykowano ją głównie ze względu na wysoką cenę, która według wielu była nieproporcjonalna do menu. Na początku 2019 roku kolejarze udostępnili zwiedzającym dawny tunel serwisowy z windami na poszczególne perony, który ma służyć pasażerom unieruchomionym oraz osobom ze zbyt dużym bagażem.