Ajax Po sezonie Boukhari przeszedł do Ajaxu i podpisał z tym klubem czteroletni kontrakt. Zadebiutował w nim 1 września, w wygranym 3:1 wyjazdowym meczu z FC Groningen. W swoim pierwszym sezonie w barwach klubu z Amsterdamu wystąpił w 22 meczach ligowych, w większości wchodząc z ławki i zdobył sześć goli, a drużyna zajęła drugie miejsce w tabeli Eredivisie. Na sezon 2003/2004 Boukhari został wypożyczony do NAC Breda, gdzie zagrał w 28 meczach i zdobył pięć bramek w lidze. Następnie powrócił do Ajaxu, gdzie spędził kolejne dwa sezony, zdobywając po cztery bramki ligowe w każdym.
Z Ajaxem Boukhari dwukrotnie zdobywał Superpuchar Holandii oraz Puchar Holandii w sezonie 2005/2006. Po tym sezonie wygasł jego kontrakt z klubem z Amsterdamu.
Nantes W maju 2006 roku Boukhari przeszedł jako wolny zawodnik do francuskiego FC Nantes, z którym podpisał trzyletni kontrakt. W Ligue 1 zadebiutował w pierwszej kolejce, w przegranym 1:3 meczu z Olympique Lyon i zdobył w nim honorowego gola dla swojej drużyny. Zagrał również w kolejnych dwóch meczach ligowych, po czym stracił miejsce w składzie. Do składu wrócił dopiero miesiąc później w meczu Pucharu Ligi z Toulouse FC. Następnie w Nantes nastąpiła zmiana trenera, Serge Le Dizeta zastąpił Georges Eo.