Kariera reprezentacyjna Boukhari posiada obywatelstwo holenderskie, ale wybrał występy w reprezentacji Maroka. W kadrze zadebiutował w 2001 roku, a rok później został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki w Mali. Tam wystąpił w 2 meczach grupowych: z Burkina Faso (2:1) oraz RPA (1:3), ale z Marokiem nie wyszedł z grupy. Boukhari brał także udział w meczach eliminacji do Mistrzostw Świata w Niemczech.
Statystyki Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999/00 Sparta Rotterdam Eredivisie 17 3 2000/01 Sparta Rotterdam Eredivisie 31 3 2001/02 Sparta Rotterdam Eredivisie 28 7 2002/03 AFC Ajax Eredivisie 22 6 2003/04 NAC Breda Eredivisie 28 5 2004/05 AFC Ajax Eredivisie 23 4 2005/06 AFC Ajax Eredivisie 24 4 2006/07 FC Nantes Ligue 1 9 2 2006/07 AZ Alkmaar Eredivisie 10 0 2007/08 Sparta Rotterdam Eredivisie 32 8 2008/09 Al-Ittihad Dżidda Premier Liga 0 0 2008/09 NAC Breda Eredivisie 17 5 2009/10 Kasımpaşa S.K. Süper Lig 4 0 2010/11 Wisła Kraków Ekstraklasa 9 1 2011/12 Kasımpaşa S.K. 1.