17 listopada 2011 Sejm VII kadencji wybrał go na członka Trybunału Stanu. Rekomendującym klubem parlamentarnym było Prawo i Sprawiedliwość. W październiku 2015 powołany w skład Narodowej Rady Rozwoju powołanej przez prezydenta Andrzeja Dudę. 18 listopada 2015 wybrany przez Sejm VIII kadencji na zastępcę przewodniczącego Trybunału Stanu. Przestał pełnić tę funkcję 10 lutego 2017..
1 grudnia 2015 sejmowa Komisja Sprawiedliwości i Praw Człowieka pozytywnie zaopiniowała jego kandydaturę – wysuniętą przez PiS – na sędziego Trybunału Konstytucyjnego. Następnego dnia Sejm głównie głosami posłów PiS wybrał go na sędziego TK, nie określając w uchwale początku jego kadencji.. 3 grudnia 2015 prezydent Andrzej Duda odebrał od niego ślubowanie. Mariusz Muszyński został wybrany, chociaż Sejm na to samo stanowisko wybrał wcześniej Andrzeja Jakubeckiego. Również 3 grudnia 2015 Trybunał Konstytucyjny orzekł, iż podstawa prawna wyboru Andrzeja Jakubeckiego była konstytucyjna, co obligowało prezydenta do odebrania od niego ślubowania (czego Andrzej Duda nie uczynił do czasu wygaśnięcia dziewięcioletniej kadencji sędziego). Okoliczności te stały się zarzewiem kryzysu wokół Trybunału Konstytucyjnego, a Mariusz Muszyński był zaliczany do grupy określanej mianem tzw.