Kontrowersje Według publikacji Wojciecha Czuchnowskiego i Bartosza Wielińskiego powołujących się na anonimowych informatorów, Mariusz Muszyński w 1993 r. został przyjęty do Urzędu Ochrony Państwa (obecnie Agencja Wywiadu), po czym odbył szkolenie w Ośrodku Kształcenia Wywiadu w Starych Kiejkutach, które ukończył w 1994 r. Następnie przez rok pracował w centrali Urzędu Ochrony Państwa w Warszawie, od 1998 r. pracował w ambasadzie w Berlinie, skąd w 2002 r. został usunięty na wniosek strony niemieckiej w ciągu 24 godzin. Po powrocie stracił etat w wywiadzie (wtedy już w Agencji Wywiadu). Komisja kwalifikacyjna wydała wówczas negatywną opinię co do jego dalszej służby.
Po śmierci Władysława Bartoszewskiego stwierdził, że „Bóg zaczyna uśmiechać się do Polaków”.
22 października 2020 był w składzie orzekającym Trybunału Konstytucyjnego, w którym TK wydał wyrok o niezgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej wykonywania aborcji z powodu ciężkiego i nieodwracalnego upośledzenia płodu albo nieuleczalnej choroby zagrażającej jego życiu. Wyrok Trybunału został negatywnie oceniony pod względem proceduralnym i merytorycznym przez zespół ekspertów pod przewodnictwem prof. Marka Chmaja i doprowadził do licznych protestów przeciwko zmianie przepisów aborcyjnych na ogólnokrajową skalę.