Pierwszy został przeprowadzony od 28 listopada 1942 do marca 1943 i objął 116 wiosek.
Drugi etap (akcja Werwolf), w czasie którego miały miejsce masowe pacyfikacje obszarów wiejskich, odbywał się w okresie od czerwca do sierpnia 1943 i dotyczył 171 wiosek. Łącznie wysiedleniami zamierzano objąć całkowicie 696 osad, jednak wskutek sprzeciwu polskiego ruchu oporu w powstaniu zamojskim zdołano wysiedlić 293 wioski.
Geneza thumb|right|250px|Pierwsze wysiedlenia wsi zamojskich listopad–grudzień 1941, tablica w Zamościu, Nadszaniec
Wysiedlenia z Zamojszczyzny w latach 1942–1943 były próbą praktycznej realizacji założeń Generalnego Planu Wschodniego. Zasadnicza jego część, przewidująca wysiedlenie kilkudziesięciu milionów Słowian z terenu Europy Środkowo-Wschodniej i Wschodniej miała być realizowana przez 20–30 lat po wygranej przez III Rzeszę wojnie.
Pierwsze wysiedlenia z Zamojszczyzny, przeprowadzone próbnie oraz w ramach zbadania reakcji społeczeństwa, realizowano jeszcze w listopadzie 1941, kiedy to przy współpracy kolonistów niemieckich z miejscowości Brody Duże wysiedlono 2000 Polaków z 6 zamojskich wsi. W połowie 1942 postanowiono przyspieszyć plany masowej kolonizacji niemieckiej, realizując ją eksperymentalnie w Generalnym Gubernatorstwie, na Zamojszczyźnie.