Zainicjowana przez niego tzw. szkoła lelewelowska (badająca procesy historyczne w ich całości) miała istotny wpływ na rozwój polskiej historiografii. W latach 1842–1852 w Poznaniu na podstawie jego prac historycznych powstały Starożytności Polskie, pierwsza polska encyklopedia historyczna napisana przez przedstawicieli tej szkoły: Jędrzeja Moraczewskiego, Emila Kierskiego, Antoniego Poplińskiego, Jana Konstantego Żupańskiego.
Był członkiem honorowym Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół NaukBolesław Erzepki, Spis członków Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Poznaniu, Poznań 1896, s. 3.. W 1847 roku wybrano go na wiceprezesa Międzynarodowego Towarzystwa DemokratycznegoNorman Davies, „Boże Igrzysko. Historia Polski. Wydanie poszerzone”, Kraków 2010, s. 27.. Na bankiecie założycielskim Towarzystwa we wrześniu tego roku Lelewel spotkał Karola Marksa, z którym nawiązał przyjacielską relację i zaangażował w działalność dla sprawy niepodległości Polski.
26 maja 1861 ciężko chory przewieziony został przez przyjaciół z Brukseli do prywatnej kliniki w Paryżu. Próba ratowania jego zdrowia nie powiodła się i trzy dni później Lelewel zmarł. Po uroczystym nabożeństwie został pochowany na Cmentarzu Montmartre.